Для этого нужно на событие pre_get_posts повесить кастомное действие, в котором следует сначала убедиться, что выполняется получение списка товаров именно на главной странице, а затем отсеять товары ненужной категории, скорректировав параметры запроса $query. Для этого в свойстве terms следует передать массив отбрасываемых категорий, а в operator отрицание вхождения в указанный список.

Рассматриваемое событие тригерится при каждом запросе WP_Query, непосредственно перед самим запросом в БД. Используется для того, чтобы модифицировать запрос, что мы и делаем в рамках решения обозначенной в заголовке статьи задачи. Важно помнить, что исключить товары заданной категории мы хотим в публичной части магазина, поэтому не забываем проверять, что запрос относится именно к ней с помощью условия !is_admin().

Таким образом, для отсеивания товаров заданных категорий с главной страницы магазина WooCommerce нужно добавить в конец файла /wp-content/themes/название_вашей_темы/functions.php следующий кусок кода:

// Удаляет товары заданных категорий из списка на главной странице магазина
function remove_goods_category($query) {
    if ($query->is_main_query() || $query->is_post_type_archive()) {
        if (!is_admin() && is_shop()) {
            $query->set("tax_query", array(array(
                "taxonomy" => "product_cat",
                "field" => "slug",
                "terms" => array("gifts"),
                "operator" => "NOT IN"
            )));
        }
    }
}
add_action("pre_get_posts", "remove_goods_category");

Не являюсь гуру WordPress, поэтому пока выясняется, в чём проблема решил найти в интернете прямые ссылки на нужные страницы в админке. Текстовый поиск успехом не увенчался, получилось найти ссылки только поиском по картинкам, большинство скриншотов сделаны без адресной строки.

Возможно кому-то когда-то пригодятся, сохраню как минимум для себя.

• Ссылка на список товаров в админке — /wp-admin/edit.php?post_type=product
• Ссылка на список категорий товаров в админке — /wp-admin/edit-tags.php?taxonomy=product_cat&post_type=product